מערך הפיקוח על הגבלים עסקיים מורכב משלושה מוסדות שהוקמו על פי חוק ההגבלים העסקיים: בית הדין להגבלים עסקיים, אשר מקום מושבו בירושלים, הממונה על הגבלים עסקיים העומד בראש רשות ההגבלים העסקיים והוועדה לפטורים ולמיזוגים.

פעילותו של מערך הפיקוח נוגעת בשלושה תחומים: מונופולין, הסדרים כובלים ומיזוגים. יחסי הגומלין בין תחומים אלה לבין הגופים המרכיבים את מערך הפיקוח הוסדרו על ידי המחוקק, אשר ייעד לכל אחד מגופי מערך הפיקוח תפקידים שונים, ובהתאמה אף סמכויות שונות. סמכויות אלה נועדו ליתן למערך ההגבלים העסקיים כלים מתאימים בהתמודדותן עם תופעות של הגבלים עסקיים, תופעות העשויות לאיים על התחרות החופשית ולהפחיתה.

בעוד שהוועדה לפטורים ולמיזוגים פעילה בשני תחומי פעילות של מערך הפיקוח - הפיקוח על הסדרים כובלים והפיקוח על מיזוגי חברות - פעילים שני הגופים האחרים, בית הדין והממונה, גם בתחום המונופולין. חלוקת הסמכויות בין בית הדין לבין הממונה מוגדרת ותחומה בחוק ההגבלים העסקיים.

מלבד לשלושת המוסדות האמורים, הקנה המחוקק סמכויות לאכיפה פרטית של דיני הגבלים עסקיים גם בידי מי שנפגע מהפרת הוראות החוק, וכן בידי ארגוני צרכנים ובידי ארגונים עסקיים. נדבך זה של אכיפה פרטית חשוב מאין כמוהו להבטחת הטמעתם של עקרונות התחרות במשק.